| MirGeneDB ID | Aga-Mir-2-P5b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aga-mir-2944b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aga-Mir-2-P1-v1 Aga-Mir-2-P1-v2 Aga-Mir-2-P2a Aga-Mir-2-P2b Aga-Mir-2-P3 Aga-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P4-v2 Aga-Mir-2-P5a1 Aga-Mir-2-P5a2 Aga-Mir-2-P7 Aga-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P5b Cel-Mir-2-o5 Dan-Mir-2-P5 Dlo-Mir-2-P5 Dma-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P5 Dpu-Mir-2-P5 Dsi-Mir-2-P5 Dya-Mir-2-P5 Gpa-Mir-2-P5-v1 Gpa-Mir-2-P5-v2 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Culicidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064602.1: 42670305-42670366 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P5b) |
Mir-2-P5a1
NC_064602.1: 42670118-42670173 [-]
Ensembl
Mir-2-P5b NC_064602.1: 42670305-42670366 [-] Ensembl Mir-279-P1a NC_064602.1: 42670645-42670715 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGUACUCAAAAUCACAGGAAGUGGCGAUCGAAGGAACUCCCGGUGUGAUAUGUUGGAAAAUCCGUACCAUAUCACAGCGGUAGUUACCUGAUAUUGCUGCUGUUCCUCAUUCAACGCGUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGUACUCAAAAUCACAGGA UG CGA -| C G UUGGAAA AG GCGAU AGG AACU CCG UGUGAUAUG \ UC CGUUA UCC UUGA GGC ACACUAUAC A CGUGCGCAACUUACUCCUUG GU UAG A^ U G CAUGCCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | mfold supports a different hairpin structure than MirMachine; for the purposes of annotating here, I have recorded the arms based on the MirMachine hairpin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aga-Mir-2-P5b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0041507 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAAGGAACUCCCGGUGUGAUAUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Aga-Mir-2-P5b_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0041508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAUCACAGCGGUAGUUACCUGA -62
Get sequence
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