MirGeneDB ID | Aga-Mir-2-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aga-mir-11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aga-Mir-2-P1-v1 Aga-Mir-2-P1-v2 Aga-Mir-2-P2a Aga-Mir-2-P2b Aga-Mir-2-P3 Aga-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P4-v2 Aga-Mir-2-P5a1 Aga-Mir-2-P5a2 Aga-Mir-2-P5b Aga-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P7 Asu-Mir-2-o7a Asu-Mir-2-o7b Bge-Mir-2-P7 Dan-Mir-2-P7 Dlo-Mir-2-P7 Dme-Mir-2-P7 Dmo-Mir-2-P7 Dsi-Mir-2-P7 Dya-Mir-2-P7 Gpa-Mir-2-P7 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P7 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064601.1: 12768536-12768611 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P7) |
Mir-2-P7
NC_064601.1: 12768536-12768611 [+]
Ensembl
Mir-29-P2h NC_064601.1: 12768908-12768978 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGGAGCUUCGAUUAGCGAGUUGCAUCCGGCAAGAACUUGGAACUGUGAUCUGUGUGGUUAUUAGCCGCGUUCGAAGCUCUUCACAUCACAGUCUGAGUUCUUGCUCGAUGGUUCGCACCGUCAUCCGAACGUUAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGGAGCUUCGAUUAGC----| UUG C UG A UC UGGUUAUUAGCCG GAG CAUC GGCAAGAACU GA CUGUGA UGUG \ CUU GUAG UCGUUCUUGA CU GACACU ACAC C GAUUGCAAGCCUACUGCCACG^ G-- C GU - -- UUCUCGAAGCUUG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aga-Mir-2-P7_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAGAACUUGGAACUGUGAUCUGUG -25
Get sequence
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Mature sequence | Aga-Mir-2-P7_3p |
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mirBase accession | MIMAT0007856 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
54- CAUCACAGUCUGAGUUCUUGCU -76
Get sequence
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