MirGeneDB ID | Dpu-Mir-2-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P1 Dpu-Mir-2-P2 Dpu-Mir-2-P3 Dpu-Mir-2-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P5a Aae-Mir-2-P5b Aga-Mir-2-P5a1 Aga-Mir-2-P5a2 Aga-Mir-2-P5b Cel-Mir-2-o5 Dan-Mir-2-P5 Dlo-Mir-2-P5 Dma-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P5 Dsi-Mir-2-P5 Dya-Mir-2-P5 Gpa-Mir-2-P5-v1 Gpa-Mir-2-P5-v2 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P5c Tca-Mir-2-P5d Tca-Mir-2-P5e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_32: 69416-69503 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P5) |
Mir-965
DAPPUscaffold_32: 27782-27843 [-]
Ensembl
Mir-279-P1d DAPPUscaffold_32: 68663-68726 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUACCUCUCCAGUGUAGAGUAACGGGACCUAGGAACUACCGCUUGUGGUUGAUUGAAUUGUCGAUUUUUCCGAAUCGAUUCAAUUGUCUUAUUUCUAUCACAGUCGUAGUUACUAGAUAACGAUACUCGUUCGUCUCGUUAACGUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 70 CUUACCUCUCCAGUGUA--| A GGAC G C U U UUGAAUUGUCGAUUUUUCCG GAGUA CG CUAG AACUAC GCU GUGGU GA \ CUCAU GC GAUC UUGAUG UGA CACUA CU A CGUGCAAUUGCUCUGCUUG^ A AAUA A C - U UUAUUCUGUUAACUUAGCUA 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dpu-Mir-2-P5_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGGAACUACCGCUUGUGGUUGA -23
Get sequence
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Mature sequence | Dpu-Mir-2-P5_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
66- UAUCACAGUCGUAGUUACUAGA -88
Get sequence
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