MirGeneDB ID | Dpu-Mir-2-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dpu-Mir-2-P1 Dpu-Mir-2-P2 Dpu-Mir-2-P3 Dpu-Mir-2-P4 Dpu-Mir-2-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P2b Aga-Mir-2-P2a Aga-Mir-2-P2b Bge-Mir-2-P2a Bge-Mir-2-P2b Csc-Mir-2-P2n Csc-Mir-2-P2o Dan-Mir-2-P2a Dan-Mir-2-P2b1 Dan-Mir-2-P2b2 Dlo-Mir-2-P2a Dlo-Mir-2-P2b Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dme-Mir-2-P2a Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dmo-Mir-2-P2a Dmo-Mir-2-P2b1 Dmo-Mir-2-P2b2 Dsi-Mir-2-P2a Dsi-Mir-2-P2b1 Dsi-Mir-2-P2b2 Dya-Mir-2-P2a Dya-Mir-2-P2b1 Dya-Mir-2-P2b2 Gpa-Mir-2-P2a Gpa-Mir-2-P2b Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P2a Hme-Mir-2-P2b Lpo-Mir-2-P2g Lpo-Mir-2-P2h Lpo-Mir-2-P2j Lpo-Mir-2-P2l Lpo-Mir-2-P2m Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P2a Tca-Mir-2-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_77: 78818-78876 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAUCAGAAUGCUUUGGGAGUUUUGAUUUCAGAUGAUUUUAUCUGUGAUGUGCUAAUUUUCAUGACAUAUCACAGACACAAUUAUCUGAACUUUUCAGCUCGUUAACAUCAUCCACAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCAUCAGAAUGCUUUGG- UU-| U UUA CUAAUU GAGUU GA UUCAGAUGAUU UCUGUGAUGUG \ CUCGA UU AAGUCUAUUAA AGACACUAUAC U CAACACCUACUACAAUUG CUU^ C CAC AGUACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dpu-Mir-2-o2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAUGAUUUUAUCUGUGAUGUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Dpu-Mir-2-o2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAUCACAGACACAAUUAUCUGA -59
Get sequence
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