MirGeneDB ID | Dmo-Mir-2-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dmo-mir-13a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dmo-Mir-2-P1 Dmo-Mir-2-P2b1 Dmo-Mir-2-P2b2 Dmo-Mir-2-P3b Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4a-v2 Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v2 Dmo-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P6a Dmo-Mir-2-P6b Dmo-Mir-2-P6c Dmo-Mir-2-P7 Dmo-Mir-2-P8 Dmo-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aga-Mir-2-P2a Bge-Mir-2-P2a Dan-Mir-2-P2a Dlo-Mir-2-P2a Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dme-Mir-2-P2a Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 Dsi-Mir-2-P2a Dya-Mir-2-P2a Gpa-Mir-2-P2a Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P2a Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6540: 10568361-10568422 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2a) |
Mir-2-P1
scaffold_6540: 10568108-10568173 [+]
Ensembl
Mir-2-P2a scaffold_6540: 10568361-10568422 [+] Ensembl Mir-2-P2b1 scaffold_6540: 10568529-10568588 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGAUCUCCGCCCAUUCAAUUCUUGCGUAACUCUUCAAGGGGUUGUGAAAUGUAGCCAUUAUCAAGUCAUAUCACAGCCAUUUUGAUGAGUUUCGUGUGAAUUGCUUUCAGCAUUGUCCCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACGAUCUCCGCCCAUUC-- U U U -| A UAGCCAU AAUUC UGCG AACUC UCAAGG GGUUGUGA AUG \ UUAAG GUGC UUGAG AGUUUU CCGACACU UAC U UACCCUGUUACGACUUUCG U U U A^ A UGAACUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dmo-Mir-2-P2a_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUCUUCAAGGGGUUGUGAAAUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Dmo-Mir-2-P2a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0008661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UAUCACAGCCAUUUUGAUGAGUU -62
Get sequence
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