MirGeneDB ID | Dmo-Mir-2-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dmo-mir-13b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dmo-Mir-2-P1 Dmo-Mir-2-P2a Dmo-Mir-2-P2b2 Dmo-Mir-2-P3b Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4a-v2 Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v2 Dmo-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P6a Dmo-Mir-2-P6b Dmo-Mir-2-P6c Dmo-Mir-2-P7 Dmo-Mir-2-P8 Dmo-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P2b Aga-Mir-2-P2b Bge-Mir-2-P2b Dan-Mir-2-P2b1 Dlo-Mir-2-P2b Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dme-Mir-2-P2b1 Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 Dsi-Mir-2-P2b1 Dya-Mir-2-P2b1 Gpa-Mir-2-P2b Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P2b Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6540: 10568529-10568588 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2b1) |
Mir-2-P1
scaffold_6540: 10568108-10568173 [+]
Ensembl
Mir-2-P2a scaffold_6540: 10568361-10568422 [+] Ensembl Mir-2-P2b1 scaffold_6540: 10568529-10568588 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAUUCGAAUUGCAAUUUUCUUAUACCAUGUCGUUAAAAUGUCUGUGACCGUAUGUAUUCACUAUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGGGUAAAGAAAUCUCAACAGAGCUCGCGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAUUCGAAUUGCAAUU-- A AUG--| U CCG UAUU UUCUU UACC UCGUUAAAAUG CUGUGA UAUG C AAGAA AUGG AGCAGUUUUAC GACACU AUAC A UGCGCUCGAGACAACUCUA - GUUUG^ C --- UAUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dmo-Mir-2-P2b1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGUUAAAAUGUCUGUGACCGUAUG -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dmo-Mir-2-P2b1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0008636 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAUCACAGCCAUUUUGACGAGUU -60
Get sequence
|