MirGeneDB ID | Hme-Mir-2-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hme-mir-13a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hme-Mir-2-P1-v1 Hme-Mir-2-P1-v2 Hme-Mir-2-P2b Hme-Mir-2-P3-v1 Hme-Mir-2-P3-v2 Hme-Mir-2-P4 Hme-Mir-2-P7 Hme-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aga-Mir-2-P2a Bge-Mir-2-P2a Dan-Mir-2-P2a Dlo-Mir-2-P2a Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dme-Mir-2-P2a Dmo-Mir-2-P2a Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 Dsi-Mir-2-P2a Dya-Mir-2-P2a Gpa-Mir-2-P2a Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Hmel_1) |
HE671256: 344637-344695 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2a) |
Mir-71
HE671256: 336024-336085 [+]
Ensembl
Mir-2-P1-v2 HE671256: 344481-344540 [+] Ensembl Mir-2-P1-v1 HE671256: 344483-344538 [+] Ensembl Mir-2-P2a HE671256: 344637-344695 [+] Ensembl Mir-2-P2b HE671256: 344775-344830 [+] Ensembl Mir-2-P3-v2 HE671256: 344897-344955 [+] Ensembl Mir-2-P3-v1 HE671256: 344898-344954 [+] Ensembl Mir-2-P4 HE671256: 345032-345089 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAAAAUAUUUGUAUGUUUUCGGGCCUAGCCUGUCAAAGAGGCGGUGAAAUGUCCUUUUCCCUUCAUAUCACAGCCACUUUGAUGUGGUCGGUUUACGGAGACCACUUAGCGUAUCGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCAAAAUAUUUGUAUGU- --| UA - A G A UCCUU UUUCG GGCC GCC UGUCAAAG GGC GUGA AUG U GAGGC UUGG UGG GUAGUUUC CCG CACU UAC U GAGCUAUGCGAUUCACCA AU^ C- U A A A UUCCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Hme-Mir-2-P2a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGUCAAAGAGGCGGUGAAAUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Hme-Mir-2-P2a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0024940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAUCACAGCCACUUUGAUGUGGU -59
Get sequence
|