MirGeneDB ID | Dpu-Mir-279-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dpu-mir-279b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dpu-Mir-279-o8 Dpu-Mir-279-o9 Dpu-Mir-279-P1c Dpu-Mir-279-P2 Dpu-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-279 Bko-Mir-279-o1 Bpl-Mir-279 Dan-Mir-279-P1 Dlo-Mir-279-P1 Dma-Mir-279-P1d Dme-Mir-279-P1 Dmo-Mir-279-P1 Dsi-Mir-279-P1 Dya-Mir-279-P1 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P1 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hme-Mir-279-o1 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 Tca-Mir-279-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_32: 68663-68726 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P1d) |
Mir-965
DAPPUscaffold_32: 27782-27843 [-]
Ensembl
Mir-279-P1d DAPPUscaffold_32: 68663-68726 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUAGUUGAGCAUCUUGAGCAUACGUCAGUCGGCGAGUUCGGUUUUAGUUGUAUUUUAAAUUUAGUCGGUAUGACUAGAACCCACACUCGUCCGGUUGCUGUAUUCUAUUUCAUCGAGUAGGUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUAGUUGAGCAUCUUGA-- C U GU - UC-| UG UUUUAAA G AUACG CA CGG CGAGU GGUUUUAGU UA U C UAUGU GU GCC GCUCA CCAAGAUCA AU U UCUGGAUGAGCUACUUUAU U C UG U CAC^ GU GGCUGAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dpu-Mir-279-P1d_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCGAGUUCGGUUUUAGUUGUA -22
Get sequence
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Mature sequence | Dpu-Mir-279-P1d_3p |
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mirBase accession | MIMAT0018923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UGACUAGAACCCACACUCGUCCGG -64
Get sequence
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