MirGeneDB ID | Dmo-Mir-279-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dmo-mir-286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dmo-Mir-279-P2 Dmo-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-279-P1a Aae-Mir-279-P1b1 Aae-Mir-279-P1b2 Aga-Mir-279-P1a Aga-Mir-279-P1b Agr-Mir-279 Bko-Mir-279-o1 Bpl-Mir-279 Dan-Mir-279-P1 Dlo-Mir-279-P1 Dma-Mir-279-P1c Dma-Mir-279-P1d Dme-Mir-279-P1 Dpu-Mir-279-P1c Dpu-Mir-279-P1d Dsi-Mir-279-P1 Dya-Mir-279-P1 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P1 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hme-Mir-279-o1 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 Tca-Mir-279-P1c Tca-Mir-279-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6496: 20936799-20936877 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P1) |
Mir-2-P6c
scaffold_6496: 20935964-20936029 [-]
Ensembl
Mir-2-P6b scaffold_6496: 20936142-20936210 [-] Ensembl Mir-2-P6a scaffold_6496: 20936318-20936375 [-] Ensembl Mir-2-P5 scaffold_6496: 20936468-20936531 [-] Ensembl Mir-9-P9 scaffold_6496: 20936638-20936694 [-] Ensembl Mir-279-P1 scaffold_6496: 20936799-20936877 [-] Ensembl Mir-3-P2 scaffold_6496: 20936995-20937055 [-] Ensembl Mir-3-P1 scaffold_6496: 20937123-20937187 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCGAAAAUUAUAAAAUUUUAAAAUUAAAUGGCGAUUGUCGGUAUGGUCUCUUUUUCAACAUAUACACCAAACAUUCUAUAUAAAGUGACUAGACCGAACACUCGUGCUAUAAUUUUAAAAUGUUCAACAAUUUCAAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCGAAAAUUAUAAAAU-- AAUG U -| A U UUUUCAACAUAUACA UUUAAAAUUA GCGA UG UCGGU UGGUC CU C AAAUUUUAAU UGCU AC AGCCA AUCAG GA C UUAACUUUAACAACUUGUA AUCG C A^ G U AAUAUAUCUUACAAA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dmo-Mir-279-P1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCGAUUGUCGGUAUGGUCUCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dmo-Mir-279-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0008643 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
56- UGACUAGACCGAACACUCGUGCU -79
Get sequence
|