MirGeneDB ID | Tca-Mir-2-P5e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-2944c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-2-P1-v1 Tca-Mir-2-P1-v2 Tca-Mir-2-P2a Tca-Mir-2-P2b Tca-Mir-2-P3-v1 Tca-Mir-2-P3-v2 Tca-Mir-2-P4-v1 Tca-Mir-2-P4-v2 Tca-Mir-2-P5c Tca-Mir-2-P5d Tca-Mir-2-P7 Tca-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cel-Mir-2-o5 Dan-Mir-2-P5 Dlo-Mir-2-P5 Dma-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P5 Dpu-Mir-2-P5 Dsi-Mir-2-P5 Dya-Mir-2-P5 Gpa-Mir-2-P5-v1 Gpa-Mir-2-P5-v2 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG9: 10977-11036 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P5e) |
Mir-2-P5e
LG9: 10977-11036 [-]
Ensembl
Mir-9-P9c-v1 LG9: 11087-11146 [-] Ensembl Mir-9-P9c-v2 LG9: 11088-11145 [-] Ensembl Mir-279-P1d LG9: 11214-11274 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGCCGAGCGACACUCAGGGAAUCUGGCUUGAAGGAACUUCUGGUGUGAUAUGUAUUUAUCAAUAUAUCACAGCCAGUAGUUACCUACGAAAUGGGUUCCCGAUUGCAACAGCAUCAUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAGCCGAGCGACACUCA-- GC A - U -| UAUU GGGAAUCUG UUG AGG AACU CUGG UGUGAUAUG U CCCUUGGGU AGC UCC UUGA GACC ACACUAUAU A UUUACUACGACAACGUUAG AA A A U G^ AACU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tca-Mir-2-P5e_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0018810 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAAGGAACUUCUGGUGUGAUAUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Tca-Mir-2-P5e_3p |
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mirBase accession | MIMAT0018811 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UAUCACAGCCAGUAGUUACCUACGA -60
Get sequence
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