MirGeneDB ID | Gpa-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACUGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tsetse fly (Glossina pallidipes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-3-o1a Aae-Mir-3-o1b Aae-Mir-3-o2 Aga-Mir-3-o1 Aga-Mir-3-o2 Bge-Mir-3-P28a-v1 Bge-Mir-3-P28a-v2 Bge-Mir-3-P28b-v1 Bge-Mir-3-P28b-v2 Bge-Mir-3-P29-v1 Bge-Mir-3-P29-v2 Dan-Mir-3-P1 Dan-Mir-3-P2 Dan-Mir-3-P3 Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dme-Mir-3-P1 Dme-Mir-3-P2 Dme-Mir-3-P3 Dmo-Mir-3-P1 Dmo-Mir-3-P2 Dmo-Mir-3-P3 Dpu-Mir-3 Dsi-Mir-3-P1 Dsi-Mir-3-P2 Dsi-Mir-3-P3 Dya-Mir-3-P1 Dya-Mir-3-P2 Dya-Mir-3-P3 Hme-Mir-3-P14 Hme-Mir-3-P15 Hme-Mir-3-P16 Hme-Mir-3-P17 Hme-Mir-3-P18 Hme-Mir-3-P19 Hme-Mir-3-P20 Hme-Mir-3-P21 Hme-Mir-3-P22 Hme-Mir-3-P23 Hme-Mir-3-P24 Hme-Mir-3-P25 Hme-Mir-3-P26 Hme-Mir-3-P27 Tca-Mir-3-P4 Tca-Mir-3-P5 Tca-Mir-3-P6 Tca-Mir-3-P7-v1 Tca-Mir-3-P7-v2 Tca-Mir-3-P8 Tca-Mir-3-P9a Tca-Mir-3-P9b Tca-Mir-3-P10 Tca-Mir-3-P11 Tca-Mir-3-P12a Tca-Mir-3-P12b Tca-Mir-3-P13a Tca-Mir-3-P13b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GpalI1) |
Scaffold26: 89648-89709 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAUUUAAAUAUCUGACUAAUCUGUCUUAAGAUACACCUUGUCCAGUUUAUGUUUCCGACGAUUGGACAAACACUGGACCAAGUGUGUCUCGAGAAGGAUUGGACUUCAACAAAAAGUGUAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUAUUUAAAUAUCUGAC---| G UA CUU UUAUGUUUCCGA UAAUCU UCU AGAUACAC GUCCAGU \ GUUAGG AGA UCUGUGUG CAGGUCA C AAUGUGAAAAACAACUUCAG^ A GC AAC CAAACAGGUUAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gpa-Mir-3_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAUACACCUUGUCCAGUUUAU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gpa-Mir-3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- ACACUGGACCAAGUGUGUCUCG -62
Get sequence
|