MirGeneDB ID | Tca-Mir-3-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-309b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-3-P4 Tca-Mir-3-P6 Tca-Mir-3-P7-v1 Tca-Mir-3-P7-v2 Tca-Mir-3-P8 Tca-Mir-3-P9a Tca-Mir-3-P9b Tca-Mir-3-P10 Tca-Mir-3-P11 Tca-Mir-3-P12a Tca-Mir-3-P12b Tca-Mir-3-P13a Tca-Mir-3-P13b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dpu-Mir-3 Gpa-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG5: 7457453-7457508 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P5) |
Mir-9-P9b-v1
LG5: 7455728-7455787 [+]
Ensembl
Mir-9-P9b-v2 LG5: 7455728-7455788 [+] Ensembl Mir-2-P5d LG5: 7455840-7455901 [+] Ensembl Mir-3-P4 LG5: 7455958-7456014 [+] Ensembl Mir-3893 LG5: 7457235-7457292 [+] Ensembl Mir-3-P6 LG5: 7457335-7457391 [+] Ensembl Mir-3-P5 LG5: 7457453-7457508 [+] Ensembl Mir-36 LG5: 7457551-7457607 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAUUAUCAAACCAUUUGCCCAUCACAUCUCGACUAACUCGAUUCAGUUGAUGUUAAUUAGAUAUCACUGGGUUGAGUUUGUCUCGAUGUUUUGUGCCCAUCAUCAAGGAUCAAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUAUUAUCAAACCAUUU--| C UC UC U U UUAA GC CA ACAUC GAC AACUCGAUUCAGU GAUG \ CG GU UGUAG CUG UUGAGUUGGGUCA CUAU U CUAACUAGGAACUACUACC^ U UU CU U - AGAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tca-Mir-3-P5_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0018886 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGACUAACUCGAUUCAGUUGAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tca-Mir-3-P5_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0018887 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UCACUGGGUUGAGUUUGUCUCG -56
Get sequence
|