| MirGeneDB ID | Tca-Mir-3893 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3893 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-3893 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG5: 7457235-7457292 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3893) |
Mir-9-P9b-v1
LG5: 7455728-7455787 [+]
Ensembl
Mir-9-P9b-v2 LG5: 7455728-7455788 [+] Ensembl Mir-2-P5d LG5: 7455840-7455901 [+] Ensembl Mir-3-P4 LG5: 7455958-7456014 [+] Ensembl Mir-3893 LG5: 7457235-7457292 [+] Ensembl Mir-3-P6 LG5: 7457335-7457391 [+] Ensembl Mir-3-P5 LG5: 7457453-7457508 [+] Ensembl Mir-36 LG5: 7457551-7457607 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUGAUUUUCCAUAAUUUUGGUUUUAUUUUUCCGAUGUUACGACGGCUUUACAUGAAAUUUGAAUCAUAAAGCUGUCAGUAACGUGGACAAAUAUUACUUCAAACAUCCAAAAAAUUCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUGAUUUUCCAUAAUUUU--| UU U G - CA AAU GGU UAUUU UCC AUGUUAC GACGGCUUUA UGA U UCA AUAAA AGG UGCAAUG CUGUCGAAAU ACU U CCUUAAAAAACCUACAAACU^ UU C - A -- AAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tca-Mir-3893_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0018888 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCGAUGUUACGACGGCUUUACAUGA -25
Get sequence
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| Mature sequence | Tca-Mir-3893_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0018889 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUAAAGCUGUCAGUAACGUGGAC -58
Get sequence
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