MirGeneDB ID | Tca-Mir-3-P13b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-3-P4 Tca-Mir-3-P5 Tca-Mir-3-P6 Tca-Mir-3-P7-v1 Tca-Mir-3-P7-v2 Tca-Mir-3-P8 Tca-Mir-3-P9a Tca-Mir-3-P9b Tca-Mir-3-P10 Tca-Mir-3-P11 Tca-Mir-3-P12a Tca-Mir-3-P12b Tca-Mir-3-P13a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dpu-Mir-3 Gpa-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG2: 1141776-1141834 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P13b) |
Mir-11619-P5
LG2: 1139937-1139997 [+]
Ensembl
Mir-11618-P6 LG2: 1141029-1141087 [+] Ensembl Mir-3851-P5a LG2: 1141446-1141505 [+] Ensembl Mir-11617-P6b LG2: 1142386-1142443 [+] Ensembl Mir-11618-P4 LG2: 1143177-1143235 [+] Ensembl Mir-11619-P4 LG2: 1144051-1144110 [+] Ensembl Mir-11618-P5 LG2: 1144897-1144955 [+] Ensembl Mir-3851-P4a LG2: 1145318-1145377 [+] Ensembl Mir-11621-P1 LG2: 1146138-1146196 [+] Ensembl Mir-11617-P6a LG2: 1146293-1146350 [+] Ensembl Mir-11618-P1 LG2: 1147094-1147152 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCCAUCACAAUGUUUUCGAAAUUUCUGCCCGGUCUAUCUUUGUUUAGACUGAUAUUUAUUUAAUUAUCACUGGGCAAAGUGGAUCUUGCAGUCGUUUCUCCAGUCCACAUCUUCCGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCCAUCACAAUGUUUUC--| UU CC U AC UAUUUA GAAAU CUGC GGUCUA CUUUGUUUAG UGA U CUUUG GACG CUAGGU GAAACGGGUC ACU U AAGCCUUCUACACCUGACCU^ CU UU - -- AUUAAU 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tca-Mir-3-P13b_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGUCUAUCUUUGUUUAGACUGA -23
Get sequence
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Mature sequence | Tca-Mir-3-P13b_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCACUGGGCAAAGUGGAUCUUG -59
Get sequence
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