MirGeneDB ID | Tca-Mir-11617-P6a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-11617 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-11617f-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-11617-P1 Tca-Mir-11617-P2 Tca-Mir-11617-P3 Tca-Mir-11617-P4 Tca-Mir-11617-P5 Tca-Mir-11617-P6b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG2: 1146293-1146350 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-11617-P6a) |
Mir-11619-P5
LG2: 1139937-1139997 [+]
Ensembl
Mir-11618-P6 LG2: 1141029-1141087 [+] Ensembl Mir-3851-P5a LG2: 1141446-1141505 [+] Ensembl Mir-11617-P6b LG2: 1142386-1142443 [+] Ensembl Mir-11618-P4 LG2: 1143177-1143235 [+] Ensembl Mir-11619-P4 LG2: 1144051-1144110 [+] Ensembl Mir-11618-P5 LG2: 1144897-1144955 [+] Ensembl Mir-3851-P4a LG2: 1145318-1145377 [+] Ensembl Mir-11621-P1 LG2: 1146138-1146196 [+] Ensembl Mir-11617-P6a LG2: 1146293-1146350 [+] Ensembl Mir-11618-P1 LG2: 1147094-1147152 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAAAGUAAACUUUCUCAAGUUCACUGGUAACUUGGCAUGGGUGGUACUAUAUGGAUUAUAGUAAUUAUAGUACUUUCUAUGGCAACUUAUUAGUAAAUUAAAGUUCACGAUUAACGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAAAGUAAACUUUCUCA--| C C G U UGGAUU AGUU ACUGGUAA UUG CAUGGG GGUACUAUA A UUAA UGAUUAUU AAC GUAUCU UCAUGAUAU U UAGCAAUUAGCACUUGAAA^ A C G U UAAUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tca-Mir-11617-P6a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0045600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUGGCAUGGGUGGUACUAUA -21
Get sequence
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Star sequence | Tca-Mir-11617-P6a_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAGUACUUUCUAUGGCAACUU -58
Get sequence
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