MirGeneDB ID | Tca-Mir-11617-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-11617 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUACUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-11617d-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-11617-P1 Tca-Mir-11617-P2 Tca-Mir-11617-P4 Tca-Mir-11617-P5 Tca-Mir-11617-P6a Tca-Mir-11617-P6b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG2: 372276-372333 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-11617-P3) |
Mir-11617-P1
LG2: 342479-342539 [-]
Ensembl
Mir-11617-P2 LG2: 364058-364118 [-] Ensembl Mir-3851-P9a LG2: 370015-370074 [-] Ensembl Mir-3851-P4b LG2: 371022-371081 [+] Ensembl Mir-11617-P3 LG2: 372276-372333 [+] Ensembl Mir-11619-P3 LG2: 374318-374376 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAAGUAGACUUCCUCAAAUUCACUGGUGAGUUGGCAUGGGUGGUACUAUAUAUAUCAUAGUAAUUAUAGUACUUUCUAUGGCAACUUAUUAGCGAAUUAAAGUUCACAAUAAAUGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAAAGUAGACUUCCUCA--| A G U UAUAUC AAUUC CUGGUGAGUUG CAUGGG GGUACUAUA A UUAAG GAUUAUUCAAC GUAUCU UCAUGAUAU U CAGUAAAUAACACUUGAAA^ C G U UAAUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tca-Mir-11617-P3_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0045598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUUGGCAUGGGUGGUACUAUA -21
Get sequence
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Mature sequence | Tca-Mir-11617-P3_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAGUACUUUCUAUGGCAACUU -58
Get sequence
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