MirGeneDB ID | Isc-Mir-2-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Deer tick (Ixodes scapularis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | isc-mir-2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Isc-Mir-2-P3 Isc-Mir-2-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P1-v1 Aae-Mir-2-P1-v2 Bge-Mir-2-P1-v1 Bge-Mir-2-P1-v2 Csc-Mir-2-P1n Csc-Mir-2-P1o Dan-Mir-2-P1-v1 Dan-Mir-2-P1-v2 Dma-Mir-2-o1 Dma-Mir-2-P1 Dme-Mir-2-P1-v1 Dme-Mir-2-P1-v2 Dmo-Mir-2-P1 Dpu-Mir-2-o1 Dpu-Mir-2-P1 Dsi-Mir-2-P1-v1 Dsi-Mir-2-P1-v2 Dya-Mir-2-P1-v1 Dya-Mir-2-P1-v2 Hme-Mir-2-P1-v1 Hme-Mir-2-P1-v2 Lpo-Mir-2-P1g Lpo-Mir-2-P1h Lpo-Mir-2-P1i Lpo-Mir-2-P1j Lpo-Mir-2-P1k Lpo-Mir-2-P1l Lpo-Mir-2-P1m Tca-Mir-2-P1-v1 Tca-Mir-2-P1-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (IscaWI) |
DS799611: 45564-45628 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P1) |
Mir-2-P4
DS799611: 45175-45234 [-]
Ensembl
Mir-2-P1 DS799611: 45564-45628 [-] Ensembl Mir-71 DS799611: 45706-45768 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAACGGCCAGGCUAAUGUUUUCCUGUGCAGCCGUCAAAGGGACUGUGAAAUGUCUCCCUUCUUGGUCAGCAUAUCACAGCCACCUUUGAUGAGCUGUACACGAAUCGGACUCCUUCGAGGUGCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAACGGCCAGGCUAAUGUU-- C - GA-| A UCUCCCUU UUC UGUGCAGC CGUCAAAGG CUGUGA AUG \ AAG ACAUGUCG GUAGUUUCC GACACU UAC C GACGUGGAGCUUCCUCAGGCU C A ACC^ A GACUGGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Isc-Mir-2-P1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCGUCAAAGGGACUGUGAAAUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Isc-Mir-2-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0012697 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UAUCACAGCCACCUUUGAUGAGCU -65
Get sequence
|