MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Isc-Mir-71

Family name MIR-71 (all species)
Seed GAAAGAC
Species Deer tick (Ixodes scapularis)
MiRBase ID isc-mir-71
Paralogues
Orthologues Aae-Mir-71  Aga-Mir-71  Agr-Mir-71  Asu-Mir-71  Ava-Mir-71-P20  Ava-Mir-71-P21  Bfl-Mir-71  Bge-Mir-71  Bla-Mir-71  Cbr-Mir-71  Cel-Mir-71  Csc-Mir-71-P14  Csc-Mir-71-P15  Cte-Mir-71  Dgr-Mir-71  Dlo-Mir-71  Dma-Mir-71  Dpu-Mir-71  Efe-Mir-71-P1  Efe-Mir-71-P2  Efe-Mir-71-P3  Egr-Mir-71  Esc-Mir-71  Gsa-Mir-71-o7  Gsa-Mir-71-o8  Hme-Mir-71  Hru-Mir-71  Lan-Mir-71-P4  Lan-Mir-71-P5  Lgi-Mir-71  Lhy-Mir-71  Llo-Mir-71  Lpo-Mir-71-P7  Lpo-Mir-71-P8  Lpo-Mir-71-P9  Lpo-Mir-71-P10  Lpo-Mir-71-P11  Lpo-Mir-71-P12  Lpo-Mir-71-P13  Mgi-Mir-71  Mom-Mir-71  Npo-Mir-71  Obi-Mir-71  Ofu-Mir-71  Ovu-Mir-71  Pau-Mir-71  Pca-Mir-71  Pcr-Mir-71-v1  Pcr-Mir-71-v2  Pdu-Mir-71  Pfl-Mir-71  Ple-Mir-71  Pmi-Mir-71  Pve-Mir-71  Rph-Mir-71  Sko-Mir-71  Sma-Mir-71-o5  Sma-Mir-71-o6  Sme-Mir-71-o1a  Sme-Mir-71-o1b  Sme-Mir-71-o2  Sme-Mir-71-o3  Sme-Mir-71-o4  Snu-Mir-71  Spu-Mir-71  Tca-Mir-71  Tur-Mir-71-P6a  Tur-Mir-71-P6b  War-Mir-71 
Node of Origin (locus) Nephrozoa
Node of Origin (family) Nephrozoa
Genome context
(GCF_016920785.2_ASM1692078v2_ISC)		 NW_024609884.1: 3130205-3130267 [+] Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-71)		 Mir-71 NW_024609884.1: 3130205-3130267 [+] Ensembl
Mir-2-P1 NW_024609884.1: 3130345-3130409 [+] Ensembl
Mir-2-P4 NW_024609884.1: 3130738-3130797 [+] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
GAGGGGGAGGAGUUUGCAGUGUUGAUUCCCUGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUGAGUUUGACUGCAUUGCCAUCUCACUACCUUGUCUUUGUUGGAAAUAGCACGUGCAGUGUCGGCGGCUGCA
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50        60 
GAGGGGGAGGAGUUUGCA--|     A    CUG       U             AGUUUGA 
                    GUGUUG UUCC   AAAGACA GGGUAGUGAGAUG       C
                    CACGAU AAGG   UUUCUGU UCCAUCACUCUAC       U
ACGUCGGCGGCUGUGACGUG^     A    UUG       -             CGUUACG 
 120       110       100        90         80        70
Deep sequencing
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3' NTU No
MotifsNo
Tissue expression
-   +
Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Sa Sa To
Mature sequence

Isc-Mir-71_5p
mirBase accessionMIMAT0012703
Sequence 
0- UGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUG -23
Get sequence
Co-mature sequence

Isc-Mir-71_3p
mirBase accessionNone
Sequence 
41- UCUCACUACCUUGUCUUUGUUG -63
Get sequence