MirGeneDB ID | Gsa-Mir-71-o7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-71 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Russian doll killer (Gyrodactylus salaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gsa-mir-71a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gsa-Mir-71-o8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-71 Aga-Mir-71 Agr-Mir-71 Asu-Mir-71 Bfl-Mir-71 Bge-Mir-71 Bla-Mir-71 Cbr-Mir-71 Cel-Mir-71 Cte-Mir-71 Dgr-Mir-71 Dlo-Mir-71 Dma-Mir-71 Dpu-Mir-71 Egr-Mir-71 Esc-Mir-71 Hme-Mir-71 Hru-Mir-71 Isc-Mir-71 Lgi-Mir-71 Lhy-Mir-71 Llo-Mir-71 Lpo-Mir-71-P7 Mgi-Mir-71 Mom-Mir-71 Npo-Mir-71 Obi-Mir-71 Ofu-Mir-71 Ovu-Mir-71 Pau-Mir-71 Pca-Mir-71 Pdu-Mir-71 Pfl-Mir-71 Ple-Mir-71 Pmi-Mir-71 Pve-Mir-71 Rph-Mir-71 Sko-Mir-71 Snu-Mir-71 Spu-Mir-71 Tca-Mir-71 War-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | G. salaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (gyrodactylus_salaris.PRJNA244375.WBPS19.genomic) |
scf7180006951238: 7887-7948 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-71-o7) |
Mir-71-o7
scf7180006951238: 7887-7948 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o161a scf7180006951238: 8098-8159 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o161b scf7180006951238: 8098-8159 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o162 scf7180006951238: 8224-8285 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAUCGGCCCAUAUGAUCCCGAUGAUAGUGUGAAAGACUUGCGUAGUGAGACGCUCUAAAUGUGCAUAGCGUCUUCUAUCAAGACUUUCGUACCAUCGUUCGUCCGUACGUCUUUUCAGAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAUCGGCCCAUAUGAUCC- -| A A C U CUAAA CG AUGAU GUGUGAAAG CUUG GUAG GAGACGCU U GC UGCUA CAUGCUUUC GAAC UAUC UUCUGCGA G AGAGACUUUUCUGCAUGCCU U^ C A - - UACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gsa-Mir-71-o7_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0035246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAAAGACUUGCGUAGUGAGACGCU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gsa-Mir-71-o7_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0035247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CGUCUUCUAUCAAGACUUUCGUA -62
Get sequence
|