MirGeneDB ID | Gsa-Mir-2-o161b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Russian doll killer (Gyrodactylus salaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gsa-mir-2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gsa-Mir-2-o161a Gsa-Mir-2-o162 Gsa-Mir-2-o163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | G. salaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (gyrodactylus_salaris.PRJNA244375.WBPS19.genomic) |
scf7180006951238: 8098-8159 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o161b) |
Mir-71-o7
scf7180006951238: 7887-7948 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o161a scf7180006951238: 8098-8159 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o161b scf7180006951238: 8098-8159 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o162 scf7180006951238: 8224-8285 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUUGAACUACAGUCCCAUCUAUUAGGACCGUCCGAGUGCGACUGUGAUGUUAUGUCAUGUUUGCAAUAUCACAGUCCUGCUUUGGUGACGGUGCAAUGAUGGUAUACAGCACCGCUGUAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAUUGAACUACAGUCCCAU GG-- C---| C AUGUCA CUAUUA ACCGUC GAGUG GACUGUGAUGUU \ GGUAGU UGGCAG UUCGU CUGACACUAUAA U UUAUGUCGCCACGACAUAU AACG UGGU^ C CGUUUG 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gsa-Mir-2-o161b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0035266 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUCCGAGUGCGACUGUGAUGUU -22
Get sequence
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Mature sequence | Gsa-Mir-2-o161b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0035267 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAUCACAGUCCUGCUUUGGUGACGG -62
Get sequence
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