| MirGeneDB ID | Cte-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-71 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-71 Asu-Mir-71 Bfl-Mir-71 Bge-Mir-71 Bla-Mir-71 Cbr-Mir-71 Cel-Mir-71 Cgi-Mir-71 Csc-Mir-71-P14 Csc-Mir-71-P15 Dma-Mir-71 Dpu-Mir-71 Efe-Mir-71-P1 Efe-Mir-71-P2 Efe-Mir-71-P3 Esc-Mir-71 Hme-Mir-71 Isc-Mir-71 Lan-Mir-71-P4 Lan-Mir-71-P5 Lgi-Mir-71 Lpo-Mir-71-P7 Lpo-Mir-71-P8 Lpo-Mir-71-P9 Lpo-Mir-71-P10 Lpo-Mir-71-P11 Lpo-Mir-71-P12 Lpo-Mir-71-P13 Npo-Mir-71 Obi-Mir-71 Ovu-Mir-71 Pfl-Mir-71 Pmi-Mir-71 Sko-Mir-71 Sme-Mir-71-P16a Sme-Mir-71-P16b Sme-Mir-71-P17 Sme-Mir-71-P18 Sme-Mir-71-P19 Spu-Mir-71 Tca-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_933: 9934-9996 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-71) |
Mir-71
CAPTEscaffold_933: 9934-9996 [+]
Ensembl
Mir-2-o36 CAPTEscaffold_933: 10045-10113 [+] Ensembl Mir-2-o37 CAPTEscaffold_933: 10173-10226 [+] Ensembl Mir-2-o38 CAPTEscaffold_933: 10413-10471 [+] Ensembl Mir-2-o39 CAPTEscaffold_933: 10541-10616 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUGGUUUCAGACAAUACAGAGGAGCUCCAUGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUGUACACUGUCUCUAAUCACCUUGCUAUCAUGUCUUUCCAUGGAGAACUCUUAUCGAUAGUCGUUUGGCUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUGGUUUCAGACAAUAC---| GAG - G UG A UACACUG AGAG CUCCAUG AAAGACAUGG UAG AG UG \ UCUC GAGGUAC UUUCUGUACU AUC UC AC U CUUCGGUUUGCUGAUAGCUAU^ AA- C - GU C UAAUCUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cte-Mir-71_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009517 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Cte-Mir-71_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CCUUGCUAUCAUGUCUUUCCAUG -63
Get sequence
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