MirGeneDB ID | Cfa-Mir-8908-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-8908 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAUAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-8908e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-8908-P1a1 Cfa-Mir-8908-P1a2 Cfa-Mir-8908-P1b Cfa-Mir-8908-P1c Cfa-Mir-8908-P1d Cfa-Mir-8908-P2 Cfa-Mir-8908-P3 Cfa-Mir-8908-P4a1 Cfa-Mir-8908-P4a2 Cfa-Mir-8908-P4b Cfa-Mir-8908-P4c Cfa-Mir-8908-P6 Cfa-Mir-8908-P7 Cfa-Mir-8908-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. familiaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. familiaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chrX: 114676848-114676903 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8908-P5) |
Mir-8908-P3
chrX: 114675836-114675892 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-8908-P5 chrX: 114676848-114676903 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P2 chrX: 114678505-114678561 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P4a2 chrX: 114679976-114680034 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P1c chrX: 114680911-114680970 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P1a2 chrX: 114684100-114684159 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P4b chrX: 114686169-114686227 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P1b chrX: 114687030-114687089 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P4a1 chrX: 114688877-114688935 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P1a1 chrX: 114689813-114689872 [-] UCSC Ensembl Mir-8908-P6 chrX: 114717103-114717160 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACACCGGGUUCUGUGCUGUGUGUAGUGCCCUGCAUAGGAAGGUCCUGAUUACCAGUAUGAUGUGUAACAGUGCCUGCCUGGGUAGAGUAAUGCUCCACAAGAACAUCUUUCCAGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACACCGGGUUCUGUGCU- U-| G C A A UC A - AGU GUG GUA UGC CUGC UAGG AGG CUG UUAC C A CAC CGU AUG GAUG GUCC UCC GAC AAUG G U GUGACCUUUCUACAAGAA CU^ A A G G GU - U UAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-8908-P5_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0034426 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCAUAGGAAGGUCCUGAUUACC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-8908e miRDB: MIMAT0034426 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Cfa-Mir-8908-P5_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UAACAGUGCCUGCCUGGGUAGA -56
Get sequence
|