MirGeneDB ID | Cpo-Mir-1842-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1842 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCUCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-1842-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-1842-v2 Cfa-Mir-1842-v2 Dno-Mir-1842-v2 Eca-Mir-1842-v2 Mmr-Mir-1842-v2 Ocu-Mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_4: 22299160-22299219 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1842-v2) |
Mir-1842-v1
scaffold_4: 22299160-22299220 [-]
UCSC
Mir-1842-v2 scaffold_4: 22299160-22299219 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAUGCCUGUGAGGUUGGUGGUGCUGACGUUGGCUCUGCGAGGUCGGCUCAAGGUGGGUCUUGAUAUUGAGCAGGCCUGUCAGGGCGUUGUCACCCACACCAGGAGCACACAGCAGGUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAUGCCUGUGAGGUUGG C---| UUG CG G GGUGGG UGGUG UGACG GCUCUG AGGUC GCUCAA U ACCAC ACUGU CGGGAC UCCGG CGAGUU C CGUGGACGACACACGAGG ACCC^ UG- UG A AUAGUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-1842-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047427 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGCUCUGCGAGGUCGGCUCAA -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-1842-v2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GAGCAGGCCUGUCAGGGCGUUG -60
Get sequence
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