| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-1842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1842 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGGCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1842-v1 Bta-Mir-1842-v2 Cfa-Mir-1842-v1 Cfa-Mir-1842-v2 Cpo-Mir-1842-v1 Cpo-Mir-1842-v2 Dno-Mir-1842-v1 Dno-Mir-1842-v2 Eca-Mir-1842-v1 Eca-Mir-1842-v2 Mmr-Mir-1842-v1 Mmr-Mir-1842-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn1799: 11052-11112 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCGUGCCUGCGAGGUCAGUGGUGCCGACGCUGGCUCUGCGAGGUCAGCUCAGGGUGGGACUGGACAUUGAGCAGGCCUGUCGGGGCGCCUCACCCACACCUUCCUCUUCUGCCGGGGGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCGUGCCUGCGAGGUCA-----| UGCC C UG CG A GGGUGGG GUGG GA GC GCUCUG AGGUC GCUCA A CACC CU CG CGGGGC UCCGG CGAGU C GUGGGGGCCGUCUUCUCCUUCCA^ CA-- C -- UG A UACAGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ocu-Mir-1842_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGGCUCUGCGAGGUCAGCUCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Ocu-Mir-1842_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGCAGGCCUGUCGGGGCGCCU -61
Get sequence
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