MirGeneDB ID | Cte-Mir-1998-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1998 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGAACG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-1998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cte-Mir-1998-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dgr-Mir-1998 Pdu-Mir-1998 Snu-Mir-1998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_24: 172651-172724 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1998-v1) |
Mir-2000
CAPTEscaffold_24: 172461-172517 [-]
Ensembl
Mir-1998-v2 CAPTEscaffold_24: 172650-172725 [-] Ensembl Mir-1998-v1 CAPTEscaffold_24: 172651-172724 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUACCACGUACAUCUGCUGGGUCUGGUGGUGUAUAUUUCCGCGUCCAGACUCUUUGUGGUCCUGCAAUGGCAAAUUAUCGAGUUGAACGCAGAGAUGUACAUCACCAACCGCAGACCAAAUCAACACCCUAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUACCACGUACAUCUG-- -| C C CCA UUUGUGGUCCUGC CUG GGU UGGUGGUGUAUAUUUC GCGU GACUC \ GAC CCA ACCACUACAUGUAGAG CGCA UUGAG A CUAUCCCACAACUAAACCA G^ - A AG- CUAUUAAACGGUA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-1998-v1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUAUAUUUCCGCGUCCAGACUC -23
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-1998-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
52- GUUGAACGCAGAGAUGUACAUC -74
Get sequence
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