MirGeneDB ID | Cte-Mir-2000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2000 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-2000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Efe-Mir-2000-P1 Efe-Mir-2000-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_24: 172461-172517 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2000) |
Mir-2000
CAPTEscaffold_24: 172461-172517 [-]
Ensembl
Mir-1998 CAPTEscaffold_24: 172651-172724 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUAACCAAUACUAAUCUUCGCAUUUCUUACCUGGAAGUUGGGAUGGCUUUUAUUUACAUCUUGUAAAAGUCUUCACUACUUUCAGUUCGGAGAUGUGUCUUAAUACUUAACACAGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUAACCAAUACUAAUCUU--| UAC UGG U UUUAC CGCAUUUCU CUGGAAGU GA GGCUUUUA \ GUGUAGAGG GACUUUCA CU CUGAAAAU A UCGACACAAUUCAUAAUUCU^ CUU UCA U GUUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-2000_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGGAAGUUGGGAUGGCUUUUA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-2000_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AAAGUCUUCACUACUUUCAGUU -57
Get sequence
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