| MirGeneDB ID | Cte-Mir-2000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2000 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-2000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Efe-Mir-2000-P1 Efe-Mir-2000-P2 Pdu-Mir-2000-v1 Pdu-Mir-2000-v2 Snu-Mir-2000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_24: 172461-172517 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2000) |
Mir-2000
CAPTEscaffold_24: 172461-172517 [-]
Ensembl
Mir-1998-v2 CAPTEscaffold_24: 172650-172725 [-] Ensembl Mir-1998-v1 CAPTEscaffold_24: 172651-172724 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUAACCAAUACUAAUCUUCGCAUUUCUUACCUGGAAGUUGGGAUGGCUUUUAUUUACAUCUUGUAAAAGUCUUCACUACUUUCAGUUCGGAGAUGUGUCUUAAUACUUAACACAGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUAACCAAUACUAAUCUU--| UAC UGG U UUUAC CGCAUUUCU CUGGAAGU GA GGCUUUUA \ GUGUAGAGG GACUUUCA CU CUGAAAAU A UCGACACAAUUCAUAAUUCU^ CUU UCA U GUUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-2000_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGGAAGUUGGGAUGGCUUUUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-2000_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AAAGUCUUCACUACUUUCAGUU -57
Get sequence
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