| MirGeneDB ID | Hme-Mir-210-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-210 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUGCGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hme-mir-3286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hme-Mir-210-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-210 Agr-Mir-210 Ami-Mir-210 Bfl-Mir-210 Bla-Mir-210 Bta-Mir-210 Cfa-Mir-210 Cja-Mir-210 Cli-Mir-210 Cmi-Mir-210 Cpi-Mir-210 Cpo-Mir-210 Dgr-Mir-210 Dma-Mir-210 Dno-Mir-210 Dpu-Mir-210 Dre-Mir-210 Eba-Mir-210 Ebu-Mir-210 Eca-Mir-210 Egr-Mir-210 Ete-Mir-210 Gga-Mir-210 Gja-Mir-210 Gmo-Mir-210 Hsa-Mir-210 Isc-Mir-210 Lan-Mir-210 Lch-Mir-210 Lgi-Mir-210 Lhy-Mir-210 Llo-Mir-210 Loc-Mir-210 Mal-Mir-210 Mdo-Mir-210 Mgi-Mir-210 Mml-Mir-210 Mmr-Mir-210 Mmu-Mir-210 Mom-Mir-210 Mun-Mir-210 Neu-Mir-210 Npo-Mir-210 Oan-Mir-210 Ocu-Mir-210 Ofu-Mir-210 Pab-Mir-210 Pau-Mir-210 Pbv-Mir-210 Pca-Mir-210 Pma-Mir-210 Rno-Mir-210 Sha-Mir-210 Sko-Mir-210 Sma-Mir-210 Snu-Mir-210 Spt-Mir-210 Tgu-Mir-210 Tni-Mir-210 War-Mir-210 Xtr-Mir-210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE670563: 208640-208703 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-210-P4) |
Mir-210-P4
HE670563: 208640-208703 [-]
Ensembl
Mir-210-P3 HE670563: 209742-209798 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUCAGCAAGACCGAGACGAAGCCCAAAACAACUAUUGGUCACUGCACAGGACUAGUAACCGUAUUAUACUCUUGUGCGUGUUCCAAUAGUUAUUGUGGGUGCUUCAUAAUCAUCGAAGAGCGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUCAGCAAGACCGAGAC - AA- C U-| U CUAGUAAC GAAGC CC AA AACUAUUGG CAC GCACAGGA C CUUCG GG UU UUGAUAACC GUG CGUGUUCU G AGCGAGAAGCUACUAAUA U GUG A UU^ - CAUAUUAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hme-Mir-210-P4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACUAUUGGUCACUGCACAGGAC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Hme-Mir-210-P4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0024979 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUGUGCGUGUUCCAAUAGUUAU -64
Get sequence
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