MirGeneDB ID | Hsa-Mir-642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-642 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCCCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hsa-mir-642a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-642 Mml-Mir-642 Pab-Mir-642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (hg38) |
chr19: 45674943-45674999 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-642) |
Mir-330-v1
chr19: 45639007-45639070 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-330-v2 chr19: 45639007-45639070 [-] UCSC Ensembl Mir-642 chr19: 45674943-45674999 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACUCUCCACAGUUUAUCUGAGUUGGGAGGGUCCCUCUCCAAAUGUGUCUUGGGGUGGGGGAUCAAGACACAUUUGGAGAGGGAACCUCCCAACUCGGCCUCUGCCAUCAUUUAACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CACUCUCCACAGUUUAU--| G GGGUG CUGAGUUGGGAGG UCCCUCUCCAAAUGUGUCUUG \ GGCUCAACCCUCC AGGGAGAGGUUUACACAGAAC G UCAAUUUACUACCGUCUCC^ A UAGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Hsa-Mir-642_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003312 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUCCCUCUCCAAAUGUGUCUUG -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003312 TargetScanVert: hsa-miR-642a-5p TargetMiner: hsa-miR-642a-5p miRDB: MIMAT0003312 |
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Star sequence | Hsa-Mir-642_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0020924 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AGACACAUUUGGAGAGGGAACC -57
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: hsa-miR-642a-3p TargetMiner: hsa-miR-642a-3p miRDB: MIMAT0020924 |