MirGeneDB ID | Lpo-Mir-193-P2n | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lpo-Mir-193-P1r Lpo-Mir-193-P1s Lpo-Mir-193-P1t Lpo-Mir-193-P2o Lpo-Mir-193-P2r | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bge-Mir-193-P2 Cbr-Mir-193-P2-v1 Cbr-Mir-193-P2-v2 Cel-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v2 Cte-Mir-193-P2 Dgr-Mir-193-P2 Dlo-Mir-193-P2 Ebu-Mir-193-P2 Hme-Mir-193-P2 Hru-Mir-193-P2 Lgi-Mir-193-P2 Llo-Mir-193-P2-v1 Llo-Mir-193-P2-v2 Mgi-Mir-193-P2 Pau-Mir-193-P2 Pdu-Mir-193-P2 Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Pve-Mir-193-P2 Rph-Mir-193-P2 Sko-Mir-193-P2 Snu-Mir-193-P2 Spu-Mir-193-P2 Sro-Mir-193-P2 Tca-Mir-193-P2 Xbo-Mir-193-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013673421.1: 20320-20381 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCCCUAGCGGGUACCUGCUGUGGCAAACUUGGGGUUUCUAACCGGCAUUCACCAUGGCCCGUUAACAUGCAAUGCCCUUGGAAAUCCCAAAUGUGCGCAGCAAGAUGCAACAUUCCAGGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCCCUAGCGGGUACCU---| G AAC CC - CCAUGGC GCUGUG CA UUGGGGUUUCUAA GGCAUU CA C CGACGC GU AACCCUAAAGGUU CCGUAA GU C GGGGACCUUACAACGUAGAA^ - GUA C- C ACAAUUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Lpo-Mir-193-P2n_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGGGUUUCUAACCGGCAUUCAC -23
Get sequence
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Mature sequence | Lpo-Mir-193-P2n_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAAUGCCCUUGGAAAUCCCAAA -62
Get sequence
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