| MirGeneDB ID | Lpo-Mir-219-P22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-219 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAUUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Mir-219-P20 Lpo-Mir-219-P21 Lpo-Mir-219-P23 Lpo-Mir-219-P24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-219 Aga-Mir-219 Agr-Mir-219 Bfl-Mir-219 Bge-Mir-219 Bko-Mir-219 Bla-Mir-219 Bpl-Mir-219 Cin-Mir-219 Csc-Mir-219 Cte-Mir-219 Dan-Mir-219 Dgr-Mir-219 Dlo-Mir-219 Dma-Mir-219 Dme-Mir-219 Dmo-Mir-219 Dpu-Mir-219 Dsi-Mir-219 Dya-Mir-219 Eba-Mir-219 Egr-Mir-219 Esc-Mir-219 Gpa-Mir-219 Gsa-Mir-219 Gsp-Mir-219 Hmi-Mir-219 Hru-Mir-219 Isc-Mir-219 Lan-Mir-219 Llo-Mir-219 Mgi-Mir-219 Mom-Mir-219 Obi-Mir-219 Ofu-Mir-219 Ovu-Mir-219 Pau-Mir-219 Pca-Mir-219 Pcr-Mir-219 Pfl-Mir-219 Pmi-Mir-219 Pve-Mir-219 Rph-Mir-219 Sko-Mir-219 Sma-Mir-219 Sne-Mir-219 Snu-Mir-219 Spu-Mir-219 Sro-Mir-219 Tca-Mir-219 Tur-Mir-219 War-Mir-219 Xbo-Mir-219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013665794.1: 694873-694931 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUUUUAAUAGCAAGGUAAUUUCUAAGCUGUGAUUGUCCAAACGCAAUUCUUGUGUUUUAAAAAUCAAGAACUGUGUGUGGACAUCAGUGCUUGGAUCAUUAAGUCAACGAACUACAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAUUUUAAUAGCAAGGUAAUU--| UG U A A UGUUU UCUAAGC UGAU GUCCA ACGCA UUCUUG U AGGUUCG ACUA CAGGU UGUGU AAGAAC A AAACAUCAAGCAACUGAAUUACU^ UG - G C UAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | The MIR-219 family shows substantial variation of arm-usage and is currently, across all species, considered a co-mature. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Lpo-Mir-219-P22_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAUUGUCCAAACGCAAUUCUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Co-mature sequence | Lpo-Mir-219-P22_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AGAACUGUGUGUGGACAUCAGU -59
Get sequence
|
