MirGeneDB ID | Pma-Mir-22-P1o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-22a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-22-P1o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-22-P1 Bfl-Mir-22-P1 Bko-Mir-22-P1 Bla-Mir-22-P1 Bpl-Mir-22-P1 Cte-Mir-22-P1 Eba-Mir-22-P1 Egr-Mir-22-P1 Esc-Mir-22-P1 Gsa-Mir-22-P1 Hru-Mir-22-P1 Lan-Mir-22-P1 Lgi-Mir-22-P1 Lhy-Mir-22-P1 Llo-Mir-22-P1 Mgi-Mir-22-P1 Mom-Mir-22-P1 Npo-Mir-22-P1 Obi-Mir-22-P1 Ofu-Mir-22-P1 Ovu-Mir-22-P1 Pau-Mir-22-P1 Pca-Mir-22-P1 Pcr-Mir-22-P1 Pdu-Mir-22-P1 Pfl-Mir-22-P1 Pve-Mir-22-P1 Rph-Mir-22-P1 Sma-Mir-22-P1 Sme-Mir-22-P1 Snu-Mir-22-P1 War-Mir-22-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046073.1: 16942602-16942664 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGUCGCUCGUCCCCCUGGCCGCCCCACUGCAGCCCUUCGCUGGCCAGCUUUAGUUCCGGCCGAGGCGAGUAAAGCUGCCAGUUGAAGAGCUAUAGUGGGCGGCCACGCUCAACUCGACGCGCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUCGCUCGUCCCCCUG---| C C C - C GUUCCGGC GCCGCCC ACUG AGC CUUCG CUGGC AGCUUUA \ CGGCGGG UGAU UCG GAAGU GACCG UCGAAAU C GCGCGCAGCUCAACUCGCAC^ - A A U - GAGCGGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pma-Mir-22-P1o3_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCCCUUCGCUGGCCAGCUUUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pma-Mir-22-P1o3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019399 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- AAGCUGCCAGUUGAAGAGCUAU -63
Get sequence
|