MirGeneDB ID | Sme-Mir-2160-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2160 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-2160-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-2160-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Gsa-Mir-2160 Pcr-Mir-2160 Sma-Mir-2160 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Platyhelminthes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000046_dd_Smes_g4_46: 574874-574938 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2160-P1a) |
Mir-2160-P1a
NNSW01000046_dd_Smes_g4_46: 574874-574938 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2160-P1b NNSW01000046_dd_Smes_g4_46: 574874-574938 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUAUAGCAUAAAAAUCUUUGUGAUUAAAUAUGGCGCUUAUGUGUAGAACCGGUUGUACUAUAUUUUUAAACUGGUUUUUCAUGUAAGAGCCCAAAUAGUAUCACAAAAAUCAUCAAACAAUGUAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUAUAGCAUAAAAAUCU-- UAAAUAU-| G U UUGUACUA UUGUGAU GGC CUUAUGUG AGAACCGG U AACACUA CCG GAAUGUAC UUUUGGUC A AAUGUAACAAACUACUAAA UGAUAAAC^ A U AAAUUUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sme-Mir-2160-P1a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0011254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGCGCUUAUGUGUAGAACCGG -22
Get sequence
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Star sequence | Sme-Mir-2160-P1a_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0011416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- GGUUUUUCAUGUAAGAGCCCAAA -65
Get sequence
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