MirGeneDB ID | Sme-Mir-2160-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2160 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-2160-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-2160-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Gsa-Mir-2160 Pcr-Mir-2160 Sma-Mir-2160 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Platyhelminthes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000046_dd_Smes_g4_46: 574874-574938 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2160-P1a) |
Mir-2160-P1a
NNSW01000046_dd_Smes_g4_46: 574874-574938 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2160-P1b NNSW01000046_dd_Smes_g4_46: 574874-574938 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUAUAGCAUAAAAAUCUUUGUGAUUAAAUAUGGCGCUUAUGUGUAGAACCGGUUGUACUAUAUUUUUAAACUGGUUUUUCAUGUAAGAGCCCAAAUAGUAUCACAAAAAUCAUCAAACAAUGUAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUAUAGCAUAAAAAUCU-- UAAAUAU-| G U UUGUACUA UUGUGAU GGC CUUAUGUG AGAACCGG U AACACUA CCG GAAUGUAC UUUUGGUC A AAUGUAACAAACUACUAAA UGAUAAAC^ A U AAAUUUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sme-Mir-2160-P1a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0011254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGCGCUUAUGUGUAGAACCGG -22
Get sequence
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Star sequence | Sme-Mir-2160-P1a_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0011416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- GGUUUUUCAUGUAAGAGCCCAAA -65
Get sequence
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