MirGeneDB ID | Tca-Mir-11618-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-11618 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUACCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-11618a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-11618-P1 Tca-Mir-11618-P3a Tca-Mir-11618-P3b Tca-Mir-11618-P4 Tca-Mir-11618-P5 Tca-Mir-11618-P6 Tca-Mir-11618-P7 Tca-Mir-11618-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
KQ971812: 4386-4443 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-11618-P2) |
Mir-11618-P2
KQ971812: 4386-4443 [-]
Ensembl
Mir-3851-P5b KQ971812: 8277-8336 [-] Ensembl Mir-3851-P7 KQ971812: 13140-13199 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUUUUUUUUACAAAAUGUUUUCGAUGUAUAGUUAGCAUUGGUCGUUUCUAUGCUUUUUAUGAUCAUAUACCGAUCGAUGCUCGCUUUAUUUCGAAUCACAUAACUGGAACGAAUAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUUUUUUUUACAAAAU- U-| U U U UUUC CUUUU GU UUCGA GUA AGU AGCAUUGGUCG UAUG \ CA AAGCU UAU UCG UCGUAGCUAGC AUAC U AAAUAAGCAAGGUCAAUA CU^ U U C CAU- UAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tca-Mir-11618-P2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0045489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUUAGCAUUGGUCGUUUCUAUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Tca-Mir-11618-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0045490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAUACCGAUCGAUGCUCGCUUU -58
Get sequence
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