MirGeneDB ID | Tca-Mir-11618-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-11618 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAUCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-11618a-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-11618-P1 Tca-Mir-11618-P2 Tca-Mir-11618-P3a Tca-Mir-11618-P4 Tca-Mir-11618-P5 Tca-Mir-11618-P6 Tca-Mir-11618-P7 Tca-Mir-11618-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
KQ972170: 11882-11940 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-11618-P3b) |
Mir-11619-P1
KQ972170: 7940-7998 [-]
Ensembl
Mir-11617-P5 KQ972170: 9816-9873 [-] Ensembl Mir-3851-P4d KQ972170: 11063-11122 [-] Ensembl Mir-11618-P7 KQ972170: 11485-11543 [-] Ensembl Mir-11618-P3b KQ972170: 11882-11940 [-] Ensembl Mir-3851-P8b KQ972170: 12040-12099 [-] Ensembl Mir-3851-P8a KQ972170: 24398-24457 [+] Ensembl Mir-11618-P3a KQ972170: 24557-24615 [+] Ensembl Mir-11618-P8 KQ972170: 25845-25903 [+] Ensembl Mir-3851-P4c KQ972170: 26268-26327 [+] Ensembl Mir-11617-P4 KQ972170: 27517-27574 [+] Ensembl Mir-11619-P2 KQ972170: 29392-29450 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACACAUUUGUACAAAAUGUUUUCGAUAAAUAGUUAGCAUUGGUCGUUUCUAUGCUUCUUCGUGGUCAUUGAUCGGCCAAUGUUCGCUUUAUUUCGAAUCCUCUAGCAACUGGAACAAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACACAUUUGUACAAAAUGUU--| UAAAU U UU U CUUCU UUCGA AGU AGCAUUGGUCG UC AUG U AAGCU UCG UUGUAACCGGC AG UAC C UAAACAAGGUCAACGAUCUCCU^ UUAUU C U- U UGGUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tca-Mir-11618-P3b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0045489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUUAGCAUUGGUCGUUUCUAUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Tca-Mir-11618-P3b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0045966 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UUGAUCGGCCAAUGUUCGCUUU -59
Get sequence
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