MirGeneDB ID | Tca-Mir-11621-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-11621 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAAGCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-11621-P1 Tca-Mir-11621-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
KQ972170: 27366-27424 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-11621-P2b) |
Mir-11619-P1
KQ972170: 7940-7998 [-]
Ensembl
Mir-11617-P5 KQ972170: 9816-9873 [-] Ensembl Mir-3851-P4d KQ972170: 11063-11122 [-] Ensembl Mir-11618-P7 KQ972170: 11485-11543 [-] Ensembl Mir-11618-P3b KQ972170: 11882-11940 [-] Ensembl Mir-3851-P8b KQ972170: 12040-12099 [-] Ensembl Mir-3851-P8a KQ972170: 24398-24457 [+] Ensembl Mir-11618-P3a KQ972170: 24557-24615 [+] Ensembl Mir-11618-P8 KQ972170: 25845-25903 [+] Ensembl Mir-3851-P4c KQ972170: 26268-26327 [+] Ensembl Mir-11617-P4 KQ972170: 27517-27574 [+] Ensembl Mir-11619-P2 KQ972170: 29392-29450 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGACGCAACUUCAACCAACUUUCCUUGAAAAUAAAGCGCAUUUGUCGUUGCAUCCUUAACAUAAAGGCAACGAUUCAGGUGCUUUUCUUUCAAUCAAAGUUAAUACUUCCAGAUUUUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGACGCAACUUCAACCA--| CC AU AUUU AUCCUUA ACUUU UUGAAA AAAGCGC GUCGUUGC \ UGAAA AACUUU UUUCGUG UAGCAACG A AGUUUUAGACCUUCAUAAU^ CU CU GACU GAAAUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tca-Mir-11621-P2b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUAAAGCGCAUUUGUCGUUGCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Co-mature sequence | Tca-Mir-11621-P2b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAACGAUUCAGGUGCUUUUCUU -59
Get sequence
|