MirGeneDB ID | Tca-Mir-3851-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3851 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUACGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-3851h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-3851-P2 Tca-Mir-3851-P3 Tca-Mir-3851-P4a Tca-Mir-3851-P4b Tca-Mir-3851-P4c Tca-Mir-3851-P4d Tca-Mir-3851-P5a Tca-Mir-3851-P5b Tca-Mir-3851-P6 Tca-Mir-3851-P7 Tca-Mir-3851-P8a Tca-Mir-3851-P8b Tca-Mir-3851-P9a Tca-Mir-3851-P9b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG6: 9956963-9957020 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3851-P1) |
Mir-3851-P1
LG6: 9956963-9957020 [-]
Ensembl
Mir-11624-P5 LG6: 9958318-9958377 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAAAAUUAAACCAAUUAAAUUUAAUAUUGAGUGGACAUGGGUGGUACUGUGUAAUUUUUGACUCAUAGUACGGUCCAUGUUGGCUCAGUAAUAAAUUACAUUUCUACAAUUGCAACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAAAAAUUAAACCAAUUA--| A G G UAAUU AAUUUA UAUUGAGU GACAUGGGU GUACUGUG U UUAAAU AUGACUCG UUGUACCUG CAUGAUAC U ACAACGUUAACAUCUUUACA^ A G G UCAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tca-Mir-3851-P1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0045530 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGACAUGGGUGGUACUGUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Tca-Mir-3851-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0045531 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAGUACGGUCCAUGUUGGCUCA -58
Get sequence
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