MirGeneDB ID | Tca-Mir-11624-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-11624 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-11624d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tca-Mir-11624-P1a Tca-Mir-11624-P1b Tca-Mir-11624-P2 Tca-Mir-11624-P3 Tca-Mir-11624-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | T. castaneum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LG6: 9958318-9958377 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-11624-P5) |
Mir-3851-P1
LG6: 9956963-9957020 [-]
Ensembl
Mir-11624-P5 LG6: 9958318-9958377 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGUUGUAAAUUCUAAUAGAUUGGUGUAAAAUUGGGACUUUAGCAUUUUCAUGCAAUUUAUAUCAUCAUGAUGUGCUAAUGUGUCGGUUUUACAACAAUCACAAAUCAAUCUUCGAACUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGUUGUAAAUUCUAAUA--| G G U UU CAAUUU GAUUG UGUAAAAUUGG AC UUAGCAU UCAUG \ CUAAC ACAUUUUGGCU UG AAUCGUG AGUAC A AUCAAGCUUCUAACUAAACA^ A G U U- UACUAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tca-Mir-11624-P5_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0045532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUUGGGACUUUAGCAUUUUCAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tca-Mir-11624-P5_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0045533 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGAUGUGCUAAUGUGUCGGUUU -60
Get sequence
|