MirGeneDB ID | Tur-Mir-5731-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-5731 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tur-mir-5731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tur-Mir-5731-P1b Tur-Mir-5731-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587494.1: 1952-2039 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5731-P1a) |
Mir-5731-P1a
HE587494.1: 1952-2039 [-]
Ensembl
Mir-5731-P1b HE587494.1: 6201-6288 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAGGAAAUUUACGAAUGUACACUUGUUUUGACACAGCCUAGGAGCACAUGUAGCAGAAUAAAGAUUUUCAUAUUUUUUUCUGCAUAAAAAACUACAUGGGCACCUAGGCUAUGUCCAAUCAGGUGUAUCAGAAUCAUCAGAAAUCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UCAGGAAAUUUACGAAU--| U U C A A AGCAGAAUAAAGAUUUUCAU GUACACUUG UU GACA AGCCUAGG GC CAUGU A UAUGUGGAC AA CUGU UCGGAUCC CG GUACA U UACUAAAGACUACUAAGAC^ U C A A G UCAAAAAAUACGUCUUUUUU 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tur-Mir-5731-P1a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0023056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GACACAGCCUAGGAGCACAUGU -22
Get sequence
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Mature sequence | Tur-Mir-5731-P1a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0023057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
66- AUGGGCACCUAGGCUAUGUCCA -88
Get sequence
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