MirGeneDB ID | Tur-Mir-5731-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-5731 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tur-mir-5731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tur-Mir-5731-P1a Tur-Mir-5731-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587301.1: 1420763-1420850 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5731-P1c) |
Mir-5733
HE587301.1: 1416967-1417036 [-]
Ensembl
Mir-5731-P1c HE587301.1: 1420763-1420850 [-] Ensembl Mir-5734 HE587301.1: 1423018-1423077 [-] Ensembl Mir-5736-v2 HE587301.1: 1424673-1424737 [-] Ensembl Mir-5736-v1 HE587301.1: 1424674-1424736 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAAGAAAUUUAAGAAUGUACACUUGUUUGGACACAGCCUAGGAGCACAUGUAGCAGAAUAAAGAUUUUCAUAUUUUUUUCUGCAUAAAAAACUACAUGGGCACCUAGGCUAUGUCCAAUCAGGUGUAUCAGAAUCAUCAGAAAUCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UCAAGAAAUUUAAGAAU--| U C A A AGCAGAAUAAAGAUUUUCAU GUACACUUG UUGGACA AGCCUAGG GC CAUGU A UAUGUGGAC AACCUGU UCGGAUCC CG GUACA U UACUAAAGACUACUAAGAC^ U A A G UCAAAAAAUACGUCUUUUUU 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tur-Mir-5731-P1c_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0023056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GACACAGCCUAGGAGCACAUGU -22
Get sequence
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Mature sequence | Tur-Mir-5731-P1c_3p |
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mirBase accession | MIMAT0023057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
66- AUGGGCACCUAGGCUAUGUCCA -88
Get sequence
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