| MirGeneDB ID | Tur-Mir-5731-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-5731 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tur-mir-5731 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tur-Mir-5731-P1a Tur-Mir-5731-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587494.1: 6201-6288 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5731-P1b) |
Mir-5731-P1a
HE587494.1: 1952-2039 [-]
Ensembl
Mir-5731-P1b HE587494.1: 6201-6288 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAAGAAAUUUAAGAAUGUACACUUGUUUGGACACAGCCUAGGAGCACAUGUAGCAGAAUAAAGAUUUUCAUAUUUUUUUCUGCAUAAAAAACUACAUGGGCACCUAGGCUAUGUCCAAUCAGGUGUAUCAGAAUCAUCAGAAAUCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UCAAGAAAUUUAAGAAU--| U C A A AGCAGAAUAAAGAUUUUCAU GUACACUUG UUGGACA AGCCUAGG GC CAUGU A UAUGUGGAC AACCUGU UCGGAUCC CG GUACA U UACUAAAGACUACUAAGAC^ U A A G UCAAAAAAUACGUCUUUUUU 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tur-Mir-5731-P1b_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0023056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACACAGCCUAGGAGCACAUGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tur-Mir-5731-P1b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0023057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
66- AUGGGCACCUAGGCUAUGUCCA -88
Get sequence
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