MirGeneDB ID | Tur-Mir-5733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-5733 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUUGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tur-mir-5733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587301.1: 1416967-1417036 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5733) |
Mir-5733
HE587301.1: 1416967-1417036 [-]
Ensembl
Mir-5731-P1c HE587301.1: 1420763-1420850 [-] Ensembl Mir-5734 HE587301.1: 1423018-1423077 [-] Ensembl Mir-5736-v2 HE587301.1: 1424673-1424737 [-] Ensembl Mir-5736-v1 HE587301.1: 1424674-1424736 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCAAAAAAGUCAAGAGACUUUCGAAUGUACACUUGAUUGGACACAGUUUAGUUGCGAAUACAGCUGCUUGCGCGCCUAGGCUGUGUCCUAUUAAGUGUACAUUCGAAAGUCAGAAUCAUCAUAAAUCGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCAAAAAAGUCAAGAG--| U UUGCGAAUACA ACUUUCGAAUGUACACUUGAU GGACACAGUUUAG G UGAAAGCUUACAUGUGAAUUA CCUGUGUCGGAUC C UGCUAAAUACUACUAAGAC^ U CGCGCGUUCGU . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tur-Mir-5733_5p |
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mirBase accession | MIMAT0023064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CACUUGAUUGGACACAGUUUAG -22
Get sequence
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Star sequence | Tur-Mir-5733_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0023065 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
48- AGGCUGUGUCCUAUUAAGUGUA -70
Get sequence
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