MirGeneDB ID | Xla-Mir-217-P4-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-217-P3-v1 Xla-Mir-217-P3-v2 Xla-Mir-217-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Cmi-Mir-217 Gmo-Mir-217 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mmr-Mir-217 Spt-Mir-217 Tni-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030733.1: 27719892-27719952 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-P4-v2) |
Mir-217-P4-v2
NC_030733.1: 27719892-27719952 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-217-P4-v1 NC_030733.1: 27719893-27719951 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGCCAAAUUCAAUUAUUUUGAUGUUGUAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUCCCAGGGAGCAGCCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCGGCAUCUAAACAAACAUCUUUUUAGGGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGCCAAAUUCAAUUAUUUU--| U A C C U AUCCCA GAUGUUG AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG G CUACGGC UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC G CGGGAUUUUUCUACAAACAAAU^ U C U A - GACGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Xla-Mir-217-P4-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046538 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUACUGCAUCAGGAACUGAUUGG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Xla-Mir-217-P4-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0046539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCU -61
Get sequence
|