MirGeneDB ID | Cfa-Mir-628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-628 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCUGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-628 Cja-Mir-628 Dno-Mir-628 Eca-Mir-628 Ete-Mir-628 Hsa-Mir-628 Laf-Mir-628 Mml-Mir-628 Mmr-Mir-628 Ocu-Mir-628 Pab-Mir-628 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr30: 20769721-20769781 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAUCGGAAUAGCUGUUGUGUCACUUCCUCAUGCUGACAUAUUUACUAGAGGGUAAAAUUAAUAACCUUCUAGUAAGAGUGGCAGUCGAAGGGAAGGGCUCAUCUGACUUCUGGAAACCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUAUCGGAAUAGCUGUU---|U A CA - A A GUAAAA G GUC CUUCCU UG CUG CAU UUUACUAGAGG U C CGG GAAGGG GC GAC GUG GAAUGAUCUUC U GUCCAAAGGUCUUCAGUCUA^U - AA U G A CAAUAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-628_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009921 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUGCUGACAUAUUUACUAGAGG -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-628 miRDB: MIMAT0009921 |
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Star sequence | Cfa-Mir-628_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCUAGUAAGAGUGGCAGUCGAAG -61
Get sequence
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