MirGeneDB ID | Cja-Mir-3613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-3613 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUUGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-3613 Cfa-Mir-3613 Cpo-Mir-3613 Dno-Mir-3613 Eca-Mir-3613 Ete-Mir-3613 Hsa-Mir-3613 Laf-Mir-3613 Mdo-Mir-3613 Mml-Mir-3613 Mmr-Mir-3613 Neu-Mir-3613 Ocu-Mir-3613 Pab-Mir-3613 Sha-Mir-3613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021915.1: 65267668-65267726 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCCGUAUAAUAAGAUGGUUGGGUUUGGAUUGUUGUACUUUUUUUUUUGUUCGUUGCAUUUUUAGGAACAAAAAAAAAAGCCCAACCCUUCACACCACUUCAUUCGCAUCUCAGGACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGCCGUAUAAUAAGAUGGUUG--| U UU UA GUUGCA GGU UGGA GUUG CUUUUUUUUUUGUUC \ CCA ACUU CAAC GAAAAAAAAAACAAG U ACCAGGACUCUACGCUUACUUCA^ C CC CC GAUUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cja-Mir-3613_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUUGUACUUUUUUUUUUGUUC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cja-Mir-3613_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- ACAAAAAAAAAAGCCCAACCCU -59
Get sequence
|