MirGeneDB ID | Eca-Mir-3613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3613 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUUGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-3613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-3613 Cfa-Mir-3613 Cja-Mir-3613 Cpo-Mir-3613 Dno-Mir-3613 Ete-Mir-3613 Hsa-Mir-3613 Laf-Mir-3613 Mdo-Mir-3613 Mml-Mir-3613 Mmr-Mir-3613 Neu-Mir-3613 Ocu-Mir-3613 Pab-Mir-3613 Sha-Mir-3613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009164.1: 21087975-21088033 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3613) |
Mir-15-P1a
CM009164.1: 21041772-21041830 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2a CM009164.1: 21041912-21041976 [+] UCSC Ensembl Mir-3613 CM009164.1: 21087975-21088033 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGCGCGCAACACGAUGGUUGGGUUUGGAUUGUUGUACUUUUUUUUUUGUUCGUUGCAUUUUUAGGAACAAAAAAAAAAGCCCAACCCUUCACACCACUUCAUCCGCAUCUCUGAGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGGCGCGCAACACGAUGGUUG--| U UU UA GUUGCA GGU UGGA GUUG CUUUUUUUUUUGUUC \ CCA ACUU CAAC GAAAAAAAAAACAAG U CAGGAGUCUCUACGCCUACUUCA^ C CC CC GAUUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-3613_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUUGUACUUUUUUUUUUGUUC -22
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-3613_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0034742 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- ACAAAAAAAAAAGCCCAACCCU -59
Get sequence
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