MirGeneDB ID | Eca-Mir-15-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-16-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-15-P1a Eca-Mir-15-P1b Eca-Mir-15-P1c Eca-Mir-15-P1d Eca-Mir-15-P2b Eca-Mir-15-P2c Eca-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-15-P2a Bta-Mir-15-P2a Cfa-Mir-15-P2a Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2a Cli-Mir-15-P2a Cmi-Mir-15-P2a Cpi-Mir-15-P2a Cpo-Mir-15-P2a Dno-Mir-15-P2a Dre-Mir-15-P2a1 Dre-Mir-15-P2a2 Ete-Mir-15-P2a Gga-Mir-15-P2a Gja-Mir-15-P2a Gmo-Mir-15-P2a2 Hsa-Mir-15-P2a Laf-Mir-15-P2a Lch-Mir-15-P2a Loc-Mir-15-P2a Mal-Mir-15-P2a2 Mdo-Mir-15-P2a Mml-Mir-15-P2a Mmr-Mir-15-P2a Mmu-Mir-15-P2a Mun-Mir-15-P2a Neu-Mir-15-P2a Oan-Mir-15-P2a Ocu-Mir-15-P2a Pab-Mir-15-P2a Pbv-Mir-15-P2a Rno-Mir-15-P2a Sha-Mir-15-P2a Spt-Mir-15-P2a Sto-Mir-15-P2a Tgu-Mir-15-P2a Tni-Mir-15-P2a2 Xla-Mir-15-P2a3 Xla-Mir-15-P2a4 Xtr-Mir-15-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009164.1: 21041912-21041976 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2a) |
Mir-15-P1a
CM009164.1: 21041772-21041830 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2a CM009164.1: 21041912-21041976 [+] UCSC Ensembl Mir-3613 CM009164.1: 21087975-21088033 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUCUUAUGACAGCAAUGUCAGCAGUGCCUUAGCAGCACGUAAAUAUUGGCGUUAAGAUUCUAAAAUUAUCUCCAGUAUUAACUGUGCUGCUGAAGUAAGGUUGGCCAUACUCAACAGUUAUAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCUUAUGACAGCAAU-- AG C -| A CGUUAAGAUU GUCAGC UGC UUAGCAGCAC GU AAUAUUGG C CGGUUG AUG AGUCGUCGUG CA UUAUGACC U UUAUAUUGACAACUCAUAC GA A U^ A UCUAUUAAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-15-P2a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0012955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUAUUGGCG -22
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-15-P2a_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CCAGUAUUAACUGUGCUGCUGAA -65
Get sequence
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