MirGeneDB ID | Eca-Mir-15-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-15b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-15-P1a Eca-Mir-15-P1c Eca-Mir-15-P1d Eca-Mir-15-P2a Eca-Mir-15-P2b Eca-Mir-15-P2c Eca-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-15-P1b Ami-Mir-15-P1b Bta-Mir-15-P1b Cfa-Mir-15-P1b Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1b Cli-Mir-15-P1b Cmi-Mir-15-P1b Cpi-Mir-15-P1b Cpo-Mir-15-P1b Dno-Mir-15-P1b Dre-Mir-15-P1b Ete-Mir-15-P1b Gga-Mir-15-P1b Gja-Mir-15-P1b Gmo-Mir-15-P1b Hsa-Mir-15-P1b Laf-Mir-15-P1b Lch-Mir-15-P1b Loc-Mir-15-P1b Mal-Mir-15-P1b Mml-Mir-15-P1b Mmr-Mir-15-P1b Mmu-Mir-15-P1b Mun-Mir-15-P1b Oan-Mir-15-P1b Ocu-Mir-15-P1b Pab-Mir-15-P1b Pbv-Mir-15-P1b Rno-Mir-15-P1b Sha-Mir-15-P1b Spt-Mir-15-P1b Sto-Mir-15-P1b Tgu-Mir-15-P1b Tni-Mir-15-P1b Xla-Mir-15-P1b1 Xla-Mir-15-P1b2 Xtr-Mir-15-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009166.1: 3408022-3408081 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1b) |
Mir-15-P2b
CM009166.1: 3407870-3407934 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1b CM009166.1: 3408022-3408081 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUUUGUAUUUUUGAGGCCUUAAAGUACUGUAGCAGCACAUCAUGGUUUACAUACUACAGUCAAGAUGCGAAUCAUUAUUUGCUGCUCUAGAAAUUUAAGGAAAUUCAUUCAAAACUAUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUUUUGUAUUUUUGAGG--| GUA U C C UA UACUAC CCUUAAA CUG AGCAGCA AU AUGGUU CA A GGAAUUU GAU UCGUCGU UA UACUAA GU G AUAUCAAAACUUACUUAAA^ AAA C U U GC AGAACU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-15-P1b_5p |
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mirBase accession | MIMAT0012954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCAGCACAUCAUGGUUUACA -22
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-15-P1b_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CGAAUCAUUAUUUGCUGCUCUA -60
Get sequence
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