MirGeneDB ID | Eca-Mir-15-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-15-P1a Eca-Mir-15-P1b Eca-Mir-15-P1c Eca-Mir-15-P2a Eca-Mir-15-P2b Eca-Mir-15-P2c Eca-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-15-P1d Bta-Mir-15-P1d Cfa-Mir-15-P1d Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1d Cpo-Mir-15-P1d Dno-Mir-15-P1d Dre-Mir-15-P1d Ete-Mir-15-P1d Hsa-Mir-15-P1d Laf-Mir-15-P1d Loc-Mir-15-P1d Mdo-Mir-15-P1d Mml-Mir-15-P1d Mmr-Mir-15-P1d Mmu-Mir-15-P1d Neu-Mir-15-P1d Oan-Mir-15-P1d Ocu-Mir-15-P1d Pab-Mir-15-P1d Rno-Mir-15-P1d Sha-Mir-15-P1d Sto-Mir-15-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009158.1: 50388942-50389003 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1d) |
Mir-15-P2d
CM009158.1: 50388634-50388694 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1d CM009158.1: 50388942-50389003 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUCAACCCACCCCAGUCCUGCUCCCGCCCCAGCAGCACACUGUGGUUUGUACGGCACUGUGGCCACGUCCAAACCACACUGUGGUGUUAGAGCGAGGGUGGGGGAGGCACCGCUGAGGCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUCAACCCACCCCAGU--| UG C CCC G C UACGGCACU CC CUC CGC AGCA CACA UGUGGUUUG G GG GGG GCG UUGU GUGU ACACCAAAC U UUCGGAGUCGCCACGGAGG^ GU A AGA G C CUGCACCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-15-P1d_5p |
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mirBase accession | MIMAT0013043 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGCAGCACACUGUGGUUUGUA -22
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-15-P1d_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAAACCACACUGUGGUGUUAGA -62
Get sequence
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