| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-15-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-497a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-15-P1a Mmu-Mir-15-P1b Mmu-Mir-15-P1c-v1 Mmu-Mir-15-P1c-v2 Mmu-Mir-15-P1c-v3 Mmu-Mir-15-P2a Mmu-Mir-15-P2b Mmu-Mir-15-P2c Mmu-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-15-P1d Bta-Mir-15-P1d Cfa-Mir-15-P1d Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1d Cpo-Mir-15-P1d Dno-Mir-15-P1d Dre-Mir-15-P1d Eca-Mir-15-P1d Ete-Mir-15-P1d Hsa-Mir-15-P1d Laf-Mir-15-P1d Loc-Mir-15-P1d Mdo-Mir-15-P1d Mml-Mir-15-P1d Mmr-Mir-15-P1d Neu-Mir-15-P1d Oan-Mir-15-P1d Ocu-Mir-15-P1d Pab-Mir-15-P1d Rno-Mir-15-P1d Sha-Mir-15-P1d Sto-Mir-15-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr11: 70234730-70234791 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1d) |
Mir-15-P1d
chr11: 70234730-70234791 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2d chr11: 70235062-70235122 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUCGACCCACCCCAGUCCUGCCCCCGCCCCAGCAGCACACUGUGGUUUGUACGGCACUGUGGCCACGUCCAAACCACACUGUGGUGUUAGAGCGAGGGUAUGGGAGGCACCGAUGAGCCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUCGACCCACCCCAGU- -| C CCC G C UACGGCACU CC UGCCC CGC AGCA CACA UGUGGUUUG G GG AUGGG GCG UUGU GUGU ACACCAAAC U GUCCGAGUAGCCACGGAG U^ A AGA G C CUGCACCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-15-P1d_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003453 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGCAGCACACUGUGGUUUGUA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003453 TargetScanVert: mmu-miR-497a-5p miRDB: MIMAT0003453 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-15-P1d_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAAACCACACUGUGGUGUUAGA -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-497a-3p miRDB: MIMAT0017247 |
