| MirGeneDB ID | Sha-Mir-15-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sha-mir-497 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-15-P1a Sha-Mir-15-P1b Sha-Mir-15-P1c Sha-Mir-15-P2a Sha-Mir-15-P2b Sha-Mir-15-P2c-v1 Sha-Mir-15-P2c-v2 Sha-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-15-P1d Bta-Mir-15-P1d Cfa-Mir-15-P1d Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1d Cpo-Mir-15-P1d Dno-Mir-15-P1d Dre-Mir-15-P1d Eca-Mir-15-P1d Ete-Mir-15-P1d Hsa-Mir-15-P1d Laf-Mir-15-P1d Loc-Mir-15-P1d Mdo-Mir-15-P1d Mml-Mir-15-P1d Mmr-Mir-15-P1d Mmu-Mir-15-P1d Neu-Mir-15-P1d Oan-Mir-15-P1d Ocu-Mir-15-P1d Pab-Mir-15-P1d Rno-Mir-15-P1d Sto-Mir-15-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL858641.1: 5142-5203 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUACUCCCAAAUCCCAUCCUGCCUCCGCCCCAGCAGCACACUGUGGUUUGUUCAGUGUUGUGGCCAAGUCCAAACCACACUGUGGUGUUAGAGUGAGGGUAAGGAAGGCAUCACUGCCACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUACUCCCAAAUCCCAU- -| UC CCC G C UUCAGUGUU CC UGCC CGC AGCA CACA UGUGGUUUG G GG AUGG GUG UUGU GUGU ACACCAAAC U ACCACCGUCACUACGGAA A^ GA AGA G C CUGAACCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Mir-15-P1d_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0022821 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGCAGCACACUGUGGUUUGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Mir-15-P1d_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAAACCACACUGUGGUGUUAGA -62
Get sequence
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